Hiện tại, có 2 phương pháp tính thuế bao gồm: phương pháp tính thuế trực tiếp và phương pháp khấu trừ. Bên dưới là sự khác nhau của 2 phương pháp này.
Phương pháp tính thuế trực tiếp: Doanh nghiệp (DN) đóng thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo tỷ lệ trên doanh thu (tỷ lệ bao nhiêu tùy theo ngành nghề kinh doanh). Theo phương pháp này, cứ khi nào có doanh thu là phải đóng thuế GTGT (còn gọi là thuế VAT), không quan tâm đến thuế VAT đầu vào là bao nhiêu vì phương pháp này không được khấu trừ VAT đầu vào. Hóa đơn sử dụng là hóa đơn bán hàng mua trực tiếp tại cơ quan thuế.
Giá mua hóa đơn từ 30.000-50.000 đồng tùy từng chi cục thuế và bắt buộc phải khắc thêm con dấu vuông để đóng lên hóa đơn, phí khắc dấu này là 180.000 đ
Những công ty thường áp dụng phương pháp này: Giáo dục, tư vấn, dịch vụ không có hóa đơn đầu vào và những công ty thường không có hóa đơn đầu vào
Ví dụ: Bán cái áo 10.000 đ thì phải chịu thuế VAT 2% trên 10.000 đ thu được đó không quan tâm đến hóa đơn mua vào có VAT hay không
Phương pháp tính thuế khấu trừ (sau khi thành lập, hầu hết tất cả các doanh nghiệp đều muốn theo phương pháp này): Doanh nghiệp được khấu trừ thuế đầu vào đầu ra. Nếu thuế VAT đầu vào của kỳ kê khai thuế lớn hơn thuế VAT đầu ra thì DN không phải đóng thuế. Hóa đơn sử dụng là hóa đơn VAT đặt in từ nhà in (mẫu hóa đơn doanh nghiệp có thể tự thiết kế theo ý của doanh nghiệp)
Ví dụ: Mua cái áo 9.000 đ, VAT đầu vào 900đ, bán ra 10.000 đ VAT đầu ra 1.000 đ. Vậy phái đóng cho thuế 100 đ VAT